NOVEDADES

  • Colaboran Agricultura y CIMMYT en mejorar las variedades de maíz, con mayor resistencia al clima, plagas y enfermedades

    El Atlas Molecular del Maíz es uno de los trabajos científicos más relevantes de la actualidad, con lo cual se han caracterizado más de 42 mil muestras de maíz (incluyendo 24 mil de maíces nativos) y se han generado más de 50 billones de datos útiles para encontrar variedades resistentes a calor, sequía, plagas y enfermedades. NÚM. 374 / Ciudad de México El Atlas Molecular del Maíz es uno de los trabajos científicos más relevantes de la actualidad, con lo cual se han caracterizado más de 42 mil muestras de maíz (incluyendo 24 mil de maíces nativos) y se han generado más ...

  • Taller "Fenotipificación de trigo"

    El Centro Internacional de Mejoramiento de Maíz y Trigo (CIMMYT) extiende una cordial invitación para participar en el taller de “Fenotipificación de trigo para la identificación de germoplasma con alto potencial de rendimiento y tolerancia a sequía y calor”, a realizarse en el marco del II Plant Breeding Symposium México ( https://trasmejoragen.wixsite.com/inicio) 2018 en CIMMYT, Texcoco, Estado de México, el día 28 de septiembre de 2018 a las 9:00 hrs. (De 9:00 a 14:00 hs) El objetivo de este taller es capacitar a los participantes en la caracterización fenotípica del germoplasma de trigo. Los ejes temáticos son: cambio climático, características prioritarias ...

  • II Plant Breeding Symposium México 2018

    MasAgro Biodiversidad anuncia el II Plant Breeding Symposium México 2018 el cual se llevará a cabo los días 6 y 7 de septiembre de 2018 en las instalaciones de CIMMYT, Texcoco. México. Este evento pertenece a la serie de simposios organizados por DuPont Pioneer. Para mayor información por favor visite el sitio web: https://trasmejoragen.wixsite.com/inicio

  • Convocatoria Investigación MasAgro para análisis genético

    En el marco del programa de Modernización Sustentable de la Agricultura Tradicional (Programa MasAgro), desarrollado por la Secretaría de Agricultura y Desarrollo Rural (SADER), y a través de su línea de acción MasAgro Biodiversidad liderada por el Centro Internacional de Mejoramiento de Maíz y Trigo (CIMMYT) el cual tiene como uno de sus objetivos el aprovechamiento de los recursos genéticos valiosos, mediante tecnologías de punta y desarrollo de capacidades, para acelerar el desarrollo (la obtención) de variedades de maíz y trigo de alto rendimiento, estables y tolerantes al cambio climático. Una de las actividades contempladas es la difusión de los ...

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Catalogo

CATALOGO DE PRODUCTOS

CATALOGO DE PRODUCTOS

MasAgro Biodiversidad, un componente del programa Modernización Sustentable de la Agricultura Tradicional (MasAgro), se enfoca en el aprovechamiento y conservación de recursos genéticos valiosos mediante el uso de la diversidad genética resguardada en los bancos de germoplasma, con el propósito de acelerar el desarrollo de variedades de maíz y trigo que puedan satisfacer la demanda alimenticia y nutricional de una población creciente, ante los desafíos del cambio climático.

Mediante la caracterización de la configuración genética de las colecciones del banco de germoplasma del CIMMYT, la evaluación de características prioritarias – como la tolerancia a sequía, altas temperaturas y algunas enfermedades – y el desarrollo de herramientas de bioinformática que agilizan su análisis, MasAgro Biodiversidad ha generado una “plataforma para la utilización de recursos genéticos” de maíz y trigo.

Esta plataforma pone varios productos a disposición de la comunidad científica. MasAgro Biodiversidad además ofrece algunos servicios con la finalidad de promover la equidad en el acceso y beneficios del uso de la diversidad del maíz y el trigo.

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Miguel Borja Celio de CIMMYT captura datos de campo, utilizando software de la plataforma SeeDB en un dispositivo portátil. ©2012 (CIMMYT)

SeeD es posiblemente el esfuerzo más ambicioso de caracterización de bancos de germoplasma a nivel mundial hasta la fecha. El objetivo es caracterizar la estructura genética de hasta 200,000 muestras de ADN de accesiones de bancos de germoplasma y poblaciones/líneas pre-mejoradas. También caracterizaremos subconjuntos de muestras de diferentes tamaños y composiciones para caracteres priorizados por los programas de mejoramiento genético del maíz y el trigo.

Un proyecto tan ambicioso no sería posible sin una base sólida en dos tecnologías claves y facilitadoras:

  • Una plataforma sólida y de alto rendimiento para generar perfiles genómicos que caractericen con precisión la diversidad genética desconocida. Esta plataforma debe permitir el análisis integral de muestras de diferentes bancos de germoplasma, genotipificadas en momentos diferentes; también debe basarse en métodos que son compatibles con futuras tecnologías de genotipificación.
  • Una plataforma de software de vanguardia para recopilar, estandarizar, almacenar, consultar, visualizar y analizar el “tsunami” de datos que esperamos que generen los participantes del proyecto. Preferiblemente, esta plataforma debería constar de módulos que puedan ser reconfigurados para que los usuarios sean capaces de instalarlos ellos mismos a fin de utilizar más eficazmente los datos generados por el proyecto.

Científicos mexicanos jóvenes, capacitados durante seis meses cada uno, en tecnologías de genotipificación por secuenciación en DArT, Australia, antes de trabajar en SAGA. Desde el lado izquierdo hasta el derecho: Manuel Martínez, (Peter Wenzl, líder de SeeD), Hector Gálvez, Gerardo Gallegos y Aleyda Sierra. ©2012 (CIMMYT)

Dada la naturaleza crítica de estas tecnologías facilitadoras, hemos formado alianzas estratégicas con dos organizaciones que tienen un historial comprobado de entrega de soluciones que han sido rápidamente adoptadas por su clientela; Diversity Arrays Technology (DArT) y el grupo de bioinformática del Instituto James Hutton (JHI por sus siglas en inglés).

El objetivo principal de nuestra asociación con DArT es establecer y operar conjuntamente un Servicio de Análisis Genético para la Agricultura (SAGA) en el nuevo Centro Nacional de Recursos Genéticos (CNRG), ubicado en Tepatitlán, Jalisco. SAGA inicialmente se centrará en el análisis de muestras de ADN para SeeD y los otros componentes de MasAgro utilizando métodos de genotipificación por secuenciación (GBS), al mismo tiempo que servirá como un vehículo para el entrenamiento de científicos en el uso de datos moleculares para la investigación agrícola práctica. A mediano plazo, prevemos que las operaciones de SAGA se vuelvan autosuficientes, con el fin de seguir apoyando la investigación agrícola en México y en la región más allá de la duración del proyecto de SeeD, ofreciendo servicios de análisis genético y servicios de gestión de información y análisis de datos.

Edificio para visitantes del Nuevo Centro Nacional de Recursos Genéticos (CNGR) en Tepatitlán, cerca de la ciudad de Guadalajara. El CNRG se ha convertido en el centro de recursos genéticos más grande de Latinoamérica. ©2012 (CIMMYT)

La gestión de la información representa un serio desafío para un proyecto como SeeD. Estamos trabajando con DArT y JHI con el objetivo de desarrollar conjuntamente una plataforma de software modular para el proyecto SeeD llamado SeeDB (‘base de datos de SeeD’).

La plataforma completa de SeeDB, incluyendo todos los componentes y módulos (por ejemplo, la colección de datos en campo) estará disponible de forma gratuita y el código será liberado bajo una licencia de código abierto a partir de la primera versión de producción.

Participantes en el proyecto han desarrollado algunos recursos que están disponibles al público que facilitan la visualización y análisis de datos.

Resource Provider Functionality Overview Download
Flapjack JHI Genotypic data visualization Overview Download
CurlyWhirly JHI PCA analysis visualization Overview Download
Helium JHI Pedigree and characterization data visualization Overview Download
Strudel JHI Genetic and physical maps visualization Overview Download
Tablet JHI Next gen sequence data visualization Overview Download
Humbug JHI Barcode generation Overview Download
Germinate JHI Phenotypic, genotypic, climate, and passport data storage and visualization Overview Download
Germinate 3 Data Importer JHI Data import into Germinate 3 Overview Download
META-R – 3.5.1 CIMMYT R programs for statistical analyses relevant to breeding Overview Download

Helium es un ejemplo de una herramienta de visualización útil desarrollada por los colaboradores de SeeD que permite que los datos de rasgos y caracterización puedan ser ilustrados en un “árbol de pedigree.” Esta herramienta ganó el premio del mejor papel en la conferencia de BioVis 2014 en Boston en los EEUU. Aquí hay un video y una presentación disponibles que muestran el uso de este programa.

Para obtener más información, escríbanos a: seed@masagro.org

CARTERA DE INVESTIGACIÓN

CARTERA DE INVESTIGACIÓN

Recursos genéticos

Recursos genéticos

Desarrollo de capacidades

Desarrollo de capacidades

Datos

Datos

Germoplasma de pre-reproducción

Germoplasma de pre-reproducción

Conocimiento

Conocimiento

Software

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FILOSOFÍA DE NUESTRO ENFOQUE

FILOSOFÍA DE NUESTRO ENFOQUE

¡Tantas accesiones, tan pocos datos!

Muchos bancos de germoplasma se asemejan a bibliotecas que carecen de catálogos suficientemente informativos. El avance de las plataformas de secuenciación de ADN de siguiente generación ha permitido caracterizar la diversidad genética conservada en bancos de germoplasma completos.

Gestión de la información

Generar nuevos datos por sí mismo es insuficiente si no pueden ser difundidos, consultados, resumidos, visualizados y analizados de manera efectiva. La generación de datos, por lo tanto, tiene que ir de la mano con el suministro de programas computacionales intuitivos y herramientas de análisis para hacer frente a la rápida expansión de datos que describen los recursos genéticos de maíz y trigo.

Pre-mejoramiento

Un “re arreglo” de la diversidad de los bancos de germoplasma en un formato más accesible para los mejoradores podría reducir las barreras para movilizar nuevas variaciones genéticas en programas de mejoramiento, que en buena parte se deben a la dependencia de los efectos génicos en la dotación genética de los diferentes materiales a mejorar.

Rasgos con arquitectura genética compleja

Algunos de los desafíos más importantes para la agricultura deben ser abordados manipulando caracteres genéticamente complejos controlados por alelos de efecto menor (potencial de rendimiento, tolerancia al calor y sequía, etc.).

Recolección de germoplasma

La disponibilidad de un número suficiente de accesiones en los bancos de germoplasma no parecen ser un factor que limite el uso de nuevas variaciones genéticas en los programas de mejoramiento y una nueva iniciativa garantizará la red global de bancos de germoplasma de los principales cultivos alimentarios para las generaciones futuras.