-
‘Flapjack’ – visualizador de datos genotípicos
Esta aplicación multi-plataforma permite la observación gráfica de genotipos y la visualización de haplotipos de datos SNPs (Single Nucleotide Polymorphism), incluyendo los que son generados con tecnologías de genotipificación de alto rendimiento y semejantes. Este poder de visualización permite una navegación rápida y realizar comparaciones entre líneas y marcadores. Flapjack también permite el cálculo de matrices de similitud, cálculos de Análisis de Coordenadas Principales (PCoA), generación de estadísticas para ayudar con la retrocruza asistida por marcadores o la verificación de pedigrís F1. Flapjack fue desarrollado por el Instituto James Hutton en colaboración con el CIMMYT.Detalles del producto y características
- Facilita la visualización de datos genotípicos de baja a alta densidad en formatos mapeados, no mapeados o combinados.
- Proporciona visualizaciones interactivas de datos genotípicos de alto rendimiento, que permiten una navegación rápida y comparaciones genéticas entre líneas y marcadores moleculares.
- Cualquier información basada en mapas, como posiciones QTL (Quantitative Trait Loci), puede alinearse con genotipos gráficos para identificar haplotipos asociados.
- Proporciona ejemplos de datos en formatos listos para cargar y usarse en la herramienta.
- Los datos fenotípicos pueden agregarse a los datos genotípicos para ayudar a la interpretación.
- Puede contribuir al análisis de diversidad genética.
- Explora los datos disponibles en el proyecto MasAgro-Biodiversidad.
- Aplicación multi-plataforma disponible públicamente para descargar.
COMENTARIOS
-
Para la visualización de grandes volúmenes de datos (“big data”) genotípicos, este software es una excelente herramienta en interfaz con otros programas como CurlyWhirly para la visualización del análisis de PCoA realizado por Flapjack
Disponibilidad
Liberado con versiones mejoradas que se publican periódicamente con actualización automática. https://ics.hutton.ac.uk/flapjack/download-flapjack/
Usuarios Principales
-
Mejoradores, investigadores, estudiantes de institutos públicos y empresas privadas de semillas que utilizan datos genotípicos para sus investigaciones.
Para mayor información:
- Por favor envíenos un mensaje a Cimmyt-mab-seed@cgiar.org
NOVEDADES
- Colaboran Agricultura y CIMMYT en mejorar las variedades de maíz, con mayor resistencia al clima, plagas y enfermedades
El Atlas Molecular del Maíz es uno de los trabajos científicos más relevantes de la actualidad, con lo cual se han caracterizado más de 42 mil muestras de maíz (incluyendo 24 mil de maíces nativos) y se han generado más de 50 billones de datos útiles para encontrar variedades resistentes a calor, sequía, plagas y enfermedades. NÚM. 374 / Ciudad de México El Atlas Molecular del Maíz es uno de los trabajos científicos más relevantes de la actualidad, con lo cual se han caracterizado más de 42 mil muestras de maíz (incluyendo 24 mil de maíces nativos) y se han generado más ...
- Taller "Fenotipificación de trigo"
El Centro Internacional de Mejoramiento de Maíz y Trigo (CIMMYT) extiende una cordial invitación para participar en el taller de “Fenotipificación de trigo para la identificación de germoplasma con alto potencial de rendimiento y tolerancia a sequía y calor”, a realizarse en el marco del II Plant Breeding Symposium México ( https://trasmejoragen.wixsite.com/inicio) 2018 en CIMMYT, Texcoco, Estado de México, el día 28 de septiembre de 2018 a las 9:00 hrs. (De 9:00 a 14:00 hs) El objetivo de este taller es capacitar a los participantes en la caracterización fenotípica del germoplasma de trigo. Los ejes temáticos son: cambio climático, características prioritarias ...
- II Plant Breeding Symposium México 2018
MasAgro Biodiversidad anuncia el II Plant Breeding Symposium México 2018 el cual se llevará a cabo los días 6 y 7 de septiembre de 2018 en las instalaciones de CIMMYT, Texcoco. México. Este evento pertenece a la serie de simposios organizados por DuPont Pioneer. Para mayor información por favor visite el sitio web: https://trasmejoragen.wixsite.com/inicio
- Convocatoria Investigación MasAgro para análisis genético
En el marco del programa de Modernización Sustentable de la Agricultura Tradicional (Programa MasAgro), desarrollado por la Secretaría de Agricultura y Desarrollo Rural (SADER), y a través de su línea de acción MasAgro Biodiversidad liderada por el Centro Internacional de Mejoramiento de Maíz y Trigo (CIMMYT) el cual tiene como uno de sus objetivos el aprovechamiento de los recursos genéticos valiosos, mediante tecnologías de punta y desarrollo de capacidades, para acelerar el desarrollo (la obtención) de variedades de maíz y trigo de alto rendimiento, estables y tolerantes al cambio climático. Una de las actividades contempladas es la difusión de los ...
