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Datos Fenotípicos de Trigo
El proyecto Seeds of Discovery ha generado varios tipos de datos fenotípicos describiendo germoplasma de trigo, incluyendo accesiones del Banco de Germoplasma del CIMMYT (BGC), cruzamientos triples y materiales de pre-mejoramiento generados a partir de materiales del BGC. Los ensayos se han llevado a cabo en condiciones óptimas, condiciones de estrés abiótico incluyendo sequía y calor, y condiciones de estrés biótico, incluyendo roya amarilla.Detalles del producto y características
En los ensayos de campo se han capturado rutinariamente características estándar tales como el rendimiento, días a floración y madurez, y altura de planta. Se han registrado características adicionales, tales como características morfológicas de las espigas, en ensayos especializados. Características de calidad del trigo, como la proteína de grano y la incidencia de granos amarillos de grano, también se han medido para el germoplasma seleccionado.
Los datos fenotípicos se publican en el repositorio Dataverse que almacena archivos planos y/o el almacén de datos Germinate que almacena los resultados fenotípicos y permite vincular estos datos a datos genotípicos adicionales e información sobre germoplasma. En general, los resultados analizados para cada experimento se liberan como conjuntos de datos individuales dentro de Germinate. Los datos fenotípicos se liberan principalmente en Dataverse cuando se requieren archivos adicionales de apoyo o explicaciones de las condiciones experimentales. -
Conjuntos de datos fenotípicos en Germinate:- Está disponible una lista de conjuntos de datos fenotípicos en el almacén de datos Germinate junto con enlaces a conjuntos de datos individuales.Link
- Cada conjunto de datos está disponible para descarga directa en un formato de texto simple que incluye identificadores de germoplasma, nombres y unidades de características y valores fenotípicos.
- Los datos fenotípicos también se pueden generar dinámicamente de varias maneras, tales como:
- Los usuarios pueden realizar búsquedas en todos los datos fenotípicos y filtrar los datos seleccionados en base a varios criterios, incluyendo ID de germoplasma, nombre de la variable, valores de la variable y descripción de los datos.
- Los usuarios pueden generar “Grupos” de germoplasma usando una o más herramientas de búsqueda o filtrado y usarlos para recuperar datos fenotípicos de uno o más ensayos.
- Los usuarios pueden descargar características seleccionados de cualquier ensayo o conjunto de ensayos.
- Los datos fenotípicos de uno o más ensayos también se pueden visualizar en gráficas que permiten seleccionar subconjuntos de germoplasma basándose en sus valores fenotípicos.
- Los archivos de datos fenotípicos se pueden exportar en un formato para ser usado en el software Flapjack, donde pueden combinarse con datos genotípicos.
Conjuntos de datos fenotípicos en Dataverse:
- Está disponible una lista de conjuntos de datos fenotípicos para descarga en el repositorio de Dataverse con enlaces a estudios individuales.Link
- Los estudios contienen archivos de datos estáticos, incluyendo archivos de resultados fenotípicos, y archivos de apoyo, como mapas de campo, hojas de gestión, datos meteorológicos, protocolos de fenotipificación y otros documentos relevantes.
- Cada estudio esta descrito por metadatos estándares, incluyendo: nombre del estudio, descripción, autores, generador(es) de datos, fecha de generación, palabras clave, términos del Ontología de Cultivos (Crop Ontology) para características, enlaces a estudios relacionados, y enlaces a artículos científicos relevantes.
Comentarios
Los conjuntos de datos fenotípicos en Germinate contienen principalmente BLUPs analizados, pero es importante utilizar la descripción del conjunto de datos para determinar el tipo de datos (crudos o analizados) y las condiciones y tratamientos aplicados en el ensayo. Póngase en contacto con Cimmyt-mab-seed@cgiar.org para obtener ayuda adicional para trabajar con cualquiera de estos archivos.
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Usuarios principales
Pre-mejoradores de trigo, investigadores, estudiantes que trabajan en campos relevantes como biología, mejoramiento y bioinformática, así como curadores de bancos de germoplasma y usuarios de materiales del banco de germoplasma del CIMMYT.
Disponibilidad
Conjuntos de datos fenotípicos en Germinate: http://germinate.cimmyt.org/wheat/#categorical-datasets
Conjuntos de datos fenotípicos en Dataverse: https://data.cimmyt.org/dataverse/seedsofdiscoverydvn?q=keywordValue%3Awheat
Para mayor información
- Por favor envíenos un mensaje a Cimmyt-mab-seed@cgiar.org
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