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Datos Genotípicos de Maíz
El proyecto Seeds of Discovery ha generado varios tipos de datos genotípicos describiendo germoplasma de maíz, incluyendo accesiones del Banco de Germoplasma del CIMMYT (BGC) y materiales de pre-mejoramiento generados a partir de materiales del BGC. Los tipos de datos incluyen polimorfismos de un solo nucleótido (SNP), variaciones de presencia/ausencia (PAV) y frecuencias de alelos para miles de marcadores. Los datos disponibles son liberados como “conjuntos de datos” para grupos de germoplasma y/o marcadores.Detalles del producto y características
En general, se liberan datos genotípicos de alta densidad (con más de un millón de marcadores por muestra) a través de Dataverse, mientras que las frecuencias alélicas y los conjuntos de datos de SNP de densidad más baja suelen liberarse a través de Germinate.
Conjuntos de datos genotípicos en Dataverse:
- Está disponible una lista de los conjuntos de datos genotípicos, disponibles para descarga del repositorio de Dataverse, enlazados a estudios individuales.Link
- Los estudios contienen archivos de datos estáticos, incluyendo archivos de resultados genotípicos, y archivos de apoyo, como archivos de mapeo para vincular nombres de muestras de ADN con identificadores de germoplasma (GID), protocolos de extracción o análisis u otros documentos relevantes.
- Cada estudio está documentado con metadatos estándares, incluyendo: nombre del estudio, descripción, autores, generador(es) de datos, fecha de generación, palabras clave, enlaces a estudios relacionados, enlaces a artículos científicos relevantes.
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Conjuntos de datos genotípicos en Germinate:- Está disponible una lista de los conjuntos de datos genotípicos disponibles en Germinate con enlaces a conjuntos de datos individuales. Estos se separan en grupos de datos genotípicos generales (SNPs y PAVs) y grupos de datos genotípicos basados en frecuencias alélicas.Link
- Los usuarios deben primero iniciar una sesión en Germinate, después de registrarse de forma gratuita y aceptar los términos de la licencia de transferencia de datoses.
- Se pueden generar “Grupos” de germoplasma o marcadores de interés utilizando una o más herramientas de búsqueda o filtrado, y utilizarlos inmediatamente para generar subconjuntos de datos personalizados y/o guardarlos para uso futuro.
- Los grupos de datos genotípicos SNP en Germinate están disponibles para su descarga directa en un formato de matriz simple.
- Los usuarios pueden elegir exportar posiciones de marcador basadas en mapas físicos o genéticos específicos
- Los usuarios pueden descargar los datos genotípicos elegidos en un formato de texto o como “Proyecto” inmediatamente disponibles para su visualización en el software Flapjack.
Usuarios principales
Investigadores, estudiantes que trabajan en campos relevantes como biología, mejoramiento y bioinformática, así como mejoradores de maíz, mejoradores moleculares, curadores de bancos de germoplasma y usuarios de materiales del banco de germoplasma del CIMMYT.
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Comentarios
Algunos de los conjuntos de datos genotípicos, especialmente los datos de muy alta densidad disponibles en Dataverse, son de gran tamaño y pueden requerirse largos períodos de tiempo para descargarlos, especialmente para personas que tienen una conexión limitada a Internet.
Los datos se pueden proporcionar de maneras alternativas si la transferencia directa por Internet no es posible.Los tamaños de archivo grandes también pueden hacer que sea difícil, o incluso imposible, trabajar con ellos en equipos con memoria limitada.
Así mismo, el empleo de aplicaciones como Excel, que no admiten archivos muy grandes es engorroso con esta gran cantidad de datos. Póngase en contacto con Cimmyt-mab-seed@cgiar.org para obtener ayuda adicional con el acceso o el trabajo con cualquiera de estos archivos de datos genotípicos.
Disponibilidad
Conjuntos de datos genotípicos en Dataverse:https://data.cimmyt.org/dataverse/seedsofdiscoverydvn?q=%28keywordValue%3AZea+keywordValue%3Amays%29
Conjuntos de datos de frecuencia de alelos en Germinate: http://germinate.cimmyt.org/maize/#allele-freq-dataset
Conjuntos de datos de SNP en Germinate: Disponible en Noviembre 2017.Mapas de marcadores en Germinate (http://germinate.cimmyt.org/maize/#map-details)
Para más información
- Por favor envíenos un mensaje a Cimmyt-mab-seed@cgiar.org
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