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  • ‘AlphaSim’ – simulación y comparación estrategias de mejoramiento


    Este paquete computacional permite simular estrategias o metodologías definidas por el usuario para el mejoramiento de plantas o animales, con el objetivo de realizar una comparación rápida, de bajo costo y objetiva, con respecto a otras posibles metodologías. Este programa puede simular una amplia gama de cruzas, aplicaciones biotecnológicas y estrategias de selección.

    Detalles del producto y características

    1. AlphaSim simula programas de mejoramiento en una serie de pasos. Para cada paso, el usuario define parámetros muy específicos según sus requerimientos. Diferentes datos son obtenidos, por ejemplo, el usuario puede obtener diferentes valores genéticos.
    2. Permite la simulación de múltiples variables y/o entornos, la simulación de individuos dobles haploides (DH) en cualquier generación, la evaluación de la edición genómica en los programas de selección y la elección de la estrategia de selección (truncamiento o contribución óptima).
    3. Permite detener un proceso de simulación en cualquier generación especificada por el usuario, importar datos de otros softwares y combinar diferentes simulaciones para crear una nueva población.


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    1. AlphaSim genera tres tipos de directorios de salida: Cromosoma, Selección y Datos Simulados, cada uno con diferentes tipos de resultados y datos.
    2. El poder computacional depende del tipo de simulación y de los ajustes definidos por el usuario. Esto podría requerir un núcleo de CPU con 2 GB de RAM a 12 núcleos de CPU con 5 GB de RAM cada uno. El tiempo también varía dependiendo del tipo de simulación.

     

    Comentarios

    Más información sobre este software esta publicada en Faux et al., 2016. AlphaSim: software for breeding program simulation. The Plant Genome.



    Usuarios principales

    Mejoradores, estudiantes e investigadores de institutos públicos y empresas privadas de semillas. Este software fue diseñado para programas de mejoramiento de plantas, pero puede ser utilizado en el mejoramiento de animales y genética de poblaciones.

    Disponibilidad

    AlphaSim está disponible en http://www.alphagenes.roslin.ed.ac.uk/alphasuite/alphasim/. El material incluye el programa compilado para Linux de 64 bits, Mac OSX y Windows. Se incluye un manual del usuario y un conjunto de ejemplos paso a paso.

    Para mayor Información


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