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  • ‘Flapjack’ – visualizador de datos genotípicos


    Esta aplicación multi-plataforma permite la observación gráfica de genotipos y la visualización de haplotipos de datos SNPs (Single Nucleotide Polymorphism), incluyendo los que son generados con tecnologías de genotipificación de alto rendimiento y semejantes. Este poder de visualización permite una navegación rápida y realizar comparaciones entre líneas y marcadores. Flapjack también permite el cálculo de matrices de similitud, cálculos de Análisis de Coordenadas Principales (PCoA), generación de estadísticas para ayudar con la retrocruza asistida por marcadores o la verificación de pedigrís F1. Flapjack fue desarrollado por el Instituto James Hutton en colaboración con el CIMMYT.

    Detalles del producto y características

    1. Facilita la visualización de datos genotípicos de baja a alta densidad en formatos mapeados, no mapeados o combinados.
    2. Proporciona visualizaciones interactivas de datos genotípicos de alto rendimiento, que permiten una navegación rápida y comparaciones genéticas entre líneas y marcadores moleculares.
    3. Cualquier información basada en mapas, como posiciones QTL (Quantitative Trait Loci), puede alinearse con genotipos gráficos para identificar haplotipos asociados.
    4. Proporciona ejemplos de datos en formatos listos para cargar y usarse en la herramienta.
    5. Los datos fenotípicos pueden agregarse a los datos genotípicos para ayudar a la interpretación.
    6. Puede contribuir al análisis de diversidad genética.
    7. Explora los datos disponibles en el proyecto MasAgro-Biodiversidad.
    8. Aplicación multi-plataforma disponible públicamente para descargar.

     


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  • Comentarios

    Para la visualización de grandes volúmenes de datos (“big data”) genotípicos, este software es una excelente herramienta en interfaz con otros programas como CurlyWhirly para la visualización del análisis de PCoA realizado por Flapjack.

     

    Disponibilidad

    Liberado con versiones mejoradas que se publican periódicamente con actualización automática. https://ics.hutton.ac.uk/flapjack/download-flapjack/

     

    Usuarios Principales

    Mejoradores, investigadores, estudiantes de institutos públicos y empresas privadas de semillas que utilizan datos genotípicos para sus investigaciones.

     

    Para mayor información


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